胃腸疾病方面：食道炎、慢性胃炎、消化性潰瘍、慢性腸炎以及食道癌、胃癌、腸癌的診斷及治療。在內鏡治療方面，上消化道出血內鏡電凝止血、電凝電切除胃腸道息肉內鏡下治療、胃腸鏡鏡下黏 膜下切除術（EMR）及黏膜下剝離術（ESD）、置入食管支架治療食管癌等。
功能性胃腸病方面：動力障礙引起的胃腸疾病，如腸易激綜合征和、能性消化不良、老年性便秘診療。胃腸動力檢測室開展C13/C14呼氣試驗檢測幽門螺桿菌。
肝膽胰疾病方面：慢性乙型肝炎、肝硬化、酒精性肝病、脂肪肝、急慢性膽囊炎的診治。開展射頻消融術治療原發性肝癌。對胰腺疾病，如急性胰腺炎的早期診斷治療、胰腺癌的早期診斷方面達到國內一流水平，本科對急性重癥胰腺炎的搶救成功率達91%。
消化道腫瘤方面：本科室長期以來致力于消化道腫瘤早期診斷與治療，結合多種新型內鏡技術，如色素內鏡、放大內鏡等技術，及腫瘤相關抗原測定，如胃蛋白酶原測定，提高早期胃癌診斷水平。
小腸疾病方面：由于小腸位置較深、冗長、褶皺多、蠕動快等獨特的解剖特點，多年以來一直是消化內科檢查的盲區。本科室擁有先進的進口小腸膠囊內鏡診斷系統，可清晰探察整個胃腸道，是國際公認診斷不明原因消化道出血、慢性腹痛、小腸疾病以及其他腸道疑難疾病的最佳診斷方法。
危重病人搶救：近3年來，本科室多次參與工傷搶救，其中重大工傷6次，對工傷搶救的成功起了重要作用。由本科室搶救上消化道大出血、急慢性重型肝炎、肝性腦病、急性重癥胰腺炎的成功率均在90%以上。
研究方向：
無痛電子胃鏡、腸鏡檢查，膠囊內鏡檢查，超聲內鏡，胃腸功能檢測，C14幽門螺桿菌檢測，胃蛋白酶原檢測，食管良惡性狹窄擴張治療及支架植入，原發性肝癌超聲引導下射頻消融微創治療及導管介入化療，消化道早癌的發現及治療，胃腸道病變的內鏡下治療如胃腸鏡鏡下黏膜下切除術（EMR）及黏膜下剝離術（ESD）。
設病床30張，門診設在門診樓三樓東側7號診室,年門診量1.2萬，出院病人2千余人次，開展內鏡下三四級手術500余例。科室現有醫務人員7名、護理人員12名，其中副高級以上醫療技術人員2人，濟寧醫學院副教授2名，研究生以上學歷4人。
配備有日本進口奧林巴斯電子胃鏡6臺，包括放大內鏡、治療內鏡，Q260十二指腸鏡1臺，Q260、HQ290、H290I電子腸鏡各1臺；富士能EG450電子胃鏡2臺，電子腸鏡1臺；超聲內鏡1臺；以色列進口膠囊內鏡診斷系統1臺；德國進口Erbe氬氣及高頻刀設備1套；肯格王洗消設備1套；飛利浦多功能監護儀6臺； QMT800免疫定量分析儀1臺等先進設備。
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