兗礦集團公司總醫院職業病科創建于1988年，為醫院醫、教、研三位一體的重點科室。是全國煤炭基金會職業病定點收治醫療機構，也是兗礦集團公司唯一指定職業病收治機構。在職業病的診治方面具有豐富的臨床經驗。同時收治呼吸消化系統疾病患者，開放床位達40張，年門診量1萬余人次，年收入住院患者1400余人次。已開展無痛胃鏡、腸鏡、氣管鏡項目，每年行無痛胃鏡3000余例，共做約3萬例。現有醫護人員14名，其中正高職稱1名，副高職稱1名，中級職稱7名。設有氣管鏡室、胃鏡室、腸鏡室，技術力量雄厚。醫療設備先進，配有多款無創呼吸機、有創呼吸機、富士能胃鏡、奧林巴斯氣管鏡、富士能腸鏡、C14呼氣檢測儀。在濟寧地區具有很高的學術地位及影響力。尤其在胃腸道疾病、塵肺病、職業中毒、慢性阻塞性肺病、下呼吸道感染、呼吸衰竭、機械通氣、肺癌的綜合診治和個體化治療、睡眠呼吸障礙、呼吸康復、變態反應疾病和呼吸系統疑難病的診治等方面居領先地位。學科帶頭人是胡愛民主任醫師。